Ο πατήρ Τιμόθεος κατά κόσμον Σταύρος Παναγιωτάκης, του Δημητρίου και της Ελένης, γεννήθηκε στο χωριό Πεζά του Νομού Ηρακλείου, στις 23 Ιουλίου 1964. Μαθήτευσε στο Δημοτικό σχολείο Πεζών και στο Μαλλιώτειο Γυμνάσιο και Λύκειο Μελλεσσών μεχρι την Α. Λυκείου. Ολοκλήρωσε τις δύο υπόλοιπες τάξεις του Λυκείου Μελεσσών μέχρι την Α’ Λυκείου. στο Ν. Λύκειο Ιερού Κοινού του Παναγιου Τάφου Ιεροσολύμων απ’οπου έλαβε το απολυτήριο το 1982.
Στη συνέχεια φοίτησε στην Παιδαγωγική Ακαδημία Ηρακλείου λαμβάνοντας το πτυχίο του.
- Το ίδιο έτος εισήχθη στη Θεολογική Σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης λαμβάνοντας το πτυχίο το 1990. Στη ίδια Σχολή παρακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές λαμβάνοντας δίπλωμα εξειδίκευσης (Master)στον τομέα της εκκλησιαστικής ιστορίας, χριστιανικής γραμματείας, αρχαιολογίας και τέχνης το ετος 1999.
Το 1995 έλαβε το πτυχίο του παιδαγωγικού τμήματος Δημοτικής εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης. Στο ίδιο τμήμα έκανε διετή μετεκπαίδευση λαμβάνοντας το 2010 το
Δίπλωμα στις επιστήμες της Αγωγής.
Στις 6 Δεκεμβρίου 1985 κατετάγη στον Ελληνικό Στρατό, όπου υπηρέτησε ως έφεδρος
εφεδρος αξιωματικός μέχρι τον Απρίλιο του 1988.
Τον Αύγουστο του ίδιου έτους, 1988, διορίστηκε ως δάσκαλος στην Κεφαλλονιά, διδάσκοντας από τότε σε διάφορα σχολεία την Εκπαίδευση επί 34 έτη μέχρι την 31η Αυγούστου 2022
οπότε και απελυθη. Στο δημοτικό Σχολείο του χωριού μας υπηρέτησε για 20 χρόνια, από το Σεμπτέμβριο του 2003 εως τον Αύγουστο του 2022.
Στις 2 Αυγούστου του 1997 εγινε μοναχός στην Ιερά μονή Τιμίου Προδρόμου Ατάλης- Μπαλή, λαμβάνοντας το όνομα Τιμόθεος. Στις 10 του ίδιου μήνα χειροτονήθηκε διάκονος στην Ιερα Μονή Κοιμήσεως Θεοτόκου Χαλεβή από τον Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου κύριο Ανθιμο τον οποίο υπηρέτησε τριετία από τη θέση του Αρχιδιακόνου.
Το ίδιο έτος, 1997 με τη άδεια και ευλογία του ίδιου Αχιερέως ανέλαβε το συντονισμό των εργασίων της αναστηλώσεως της εριπομένης Ιεράς Πατριαρχικής και Σταυροπηγιακής Μονής Τιμίου Σταυρού Βωσάκου.
Στις 30 Σεπτεμβρίου του 2000 χειροτονήθηκε πρεσβύτερος στο Καθολικό της Ιεράς Μονής
Βωσάκου και το Σεβασμιώτατο Μητροπολίτη Ρεθύμνς και Αυλοποτάμου κύριο Ανθιμο
ενώ την ίδια μέρα λεαβε το οφφίκιο του Αρχιμανδρίτου από τον Σεβασμιώτατο
Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου κύριο Ανθιμο, διορίστηκε Ηγούμενος της ΙεράςΜονής Βωσάκου την οποία διακονεί από τη θέση αυτή μέχρι σήμερα.
Μετά την αποχώρησή του από την Εκπαίδευση ο πατήρ Τιμόθεος μετά από κατατακτήριες εξετάσεις εισήχθη στο τμήμα ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης,
παρακολουθώντας σπουδές στον τομέα της Αρχαιολογίας.