Πηγή ελέους ,καταφυγή απελπισμένων η Παναγία έχει αφήσει τα ίχνη της θαυματουργού παρουσίας της στο νησί. Και αυτά τα ίχνη στάθηκαν πάντα πολύτιμη βοήθεια ιστορικών για να εκτιμήσουν την ιστορική αξία ενός τόπου αλλά και έναυσμα για τη λαϊκή φαντασία που δημιούργησε άπειρους θρύλους
Χρειάζονται τόμοι ολόκληροι για ν’ απαριθμήσει κανείς αυτά τα σημεία που σκιαγραφούν την Παναγία της Ιστορίας και των θρύλων. Ας σταθούμε σε μερικά μόνο περιστατικά γιατί το θέμα είναι ατέλειωτο και συνεχώς εμπλουτίζεται με νέα στοιχεία.
Στην Παναγιά Πεδιάδος υπάρχει η εκκλησία της Παναγίας της Ψωμοπούλας Είναι ένα κτίσμα πάνω στο παλιό .
Στην εκκλησία αυτή υπάρχει η εικόνα που έχει σημάδια από τρεις σφαίρες. Αυτές τις είχε ρίξει ένας Τούρκος Λέγεται ότι οι σφαίρες γύρισαν πίσω και τον σκότωσαν.
Κάτι που θεωρείται θαύμα της εικόνας.
Στην τοποθεσία Βατέ των Πασαλιτών υπάρχει το βυζαντινό μοναστήρι της Κοίμησης της Θεοτόκου. Έχει επιδιορθωθεί δυο φορές. Διατηρείται μόνο η νότια πλευρά και μια πόρτα που έχει επιγραφή με το όνομα «Καφάτος» και ημερομηνία κτίσης 1624.
Στα Καστελλάκια στον γνωστό οικισμό πάνω από τα Περιβόλια είναι κτισμένη η εκκλησία της Παναγίας της Ζωοδόχου Πηγής
Στον καιρό της Τουρκοκρατίας γύρω από αυτή την εκκλησία κατοικούσαν μόνο Τούρκοι οι οποίοι αν και αλλόθρησκοι σέβονταν και προστάτευαν το Ναό της Μαϊρέ Χανούμ όπως την έλεγαν.
Η Παναγία στα Καστελλάκια πολλές φορές μεσίτευε για τη σωτηρία πολλών ανθρώπων και πολλά είναι τα θαύματα που έχουν ακουστεί.
Στα Πλατάνια Αμαρίου υπάρχει η εκκλησία Κοίμησις της Θεοτόκου που είναι περίπου 700 χρόνων και έχει τοιχογραφίες σε πολύ καλή κατάσταση.
Πάνω από τη είσοδο της υπήρχε μια τρύπα. Λέγεται πως εκείνοι που την άνοιξαν πέθαναν μέσα σε ένα χρόνο.
Στην Πολυθέα Πεδιάδος υπάρχει η εκκλησία της Κοίμησης της Θεοτόκου 700-800 χρόνων Κάποιος Τούρκος λέει κάποτε θέλησε να πυροβολήσει την εικόνα της Παναγίας. Το βόλι όμως εξοστρατίστηκε και κτύπησε θανάσιμα τον ίδιο .Έτσι η εικόνα της Παναγίας έμεινε άθικτη.
Πριν κτιστεί η εκκλησία της Κοίμησης της Θεοτόκου στην Πολυρρήνια Κισσάμου , η τοποθεσία έμοιαζε με μαντρί .Γι ΄αυτό και οι Τούρκοι έκλειναν εκεί τα πρόβατά τους.
Το μέρος αυτό όμως οι Χριστιανοί φύλαγαν μια παλιά ανεκτίμητης αξίας εικόνα της Παναγίας. Κάθε φορά που οι Τούρκοι εύρισκαν την εικόνα την πέταγαν. Και αυτή γύριζε μόνη της στο σημείο που είχε αρχικά τοποθετηθεί.
Η παράδοση αναφέρει ότι το φαινόμενο αυτό φόβισε τους Τούρκους και δεν ξαναπάτησαν στο σημείο εκείνο. Αργότερα οι Χριστιανοί έκτισαν σ΄ αυτή τη θέση τη σημερινή εκκλησία της Παναγίας που είναι και η κεντρική του χωριού. Η εικόνα που έχει όμως υπολογίζεται ηλικία 600 χρόνων φυλάγεται σήμερα στην κοινότητα.
Η παράδοση επίσης λέει ότι στο χωριό Πρασσές υπήρχε κοντά ένα χωριό που το έλεγαν Βοκρού. Αυτό αφανίστηκε από την πανώλη.
Επεζησε μόνο μια γριά με το γιό της. Αλλά και αυτοί εγκατέλειψαν το χωριό και οδηγημένοι από μια εικόνα της Παναγίας εγκαταστάθηκαν πρώτα στις σημερινές Πρασσές. Η εικόνα βρέθηκε εκεί που είναι σήμερα η εκκλησία της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας. Η εικόνα θεωρείται θαυματουργή μια και πολλοί άρρωστοι γιατρεύτηκαν με τη βοήθειά Της. Λέγεται ακόμα ότι στα χρόνια της Τουρκοκρατίας η εικόνα είχε μεταφερθεί στη Ρωσία.
Στο Χρωμοναστήρι εξ άλλου είναι κόσμημα η εκκλησία της Παναγιάς της Κεράς που κτίστηκε το 13 αιώνα σε αγιορείτικο τύπο με τοιχογραφίες τριών εποχών σε τρία στρώματα.